原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行---特---检测，与免6疫组化技术的结合应用，能将dna、mrna和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年pardue和gall将放9射性标记的探针直接应用于纯化---的杂交，此后得益于分子克6隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，---增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。
多种探针标记检测系统
基于地高3辛、生物素和荧光标记分子的标记和检测系统是常见的原位杂交检测方法。
荧光标记检测常为直接探针标记方法，如在dutp/utp/ddutp上连接fluorescein后进行---标记。由于标记在---上的荧光分子必须经受杂交和洗脱过程中的考验，以及荧光分子易于衰减，其检测灵敏度受到一定的影响。但对荧光分子的直接检测呈现的背景较低。
使用分支dna信号扩增的rna fish
invitrogen? viewrna?和primeflow?检测是使用分支dna信号扩增 (bdna) 来检测特---信号的直接荧光rna ish方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让rna靶标的多重复用成为可能。 荧光rna原位杂交检测分为四个主要步骤：样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特---，---的背景值和更高的信噪比。
根据不同的杂交实验要求，应选择不同的---探针。在大多数情况下，可以选择克0隆的dna或cdna双链探针。但是在有些情况下，必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和rna探针。例如，在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的dna单链探针（通过克0隆人m13噬菌体dna获得）或rna探针，寡核苷酸探针也可。长的双链dna探针特---较强，适宜检测复杂的靶核苷酸序列和病原体 ，但不适宜于组织原位杂交，因为它不易透过细胞膜进入胞内或核内。在这种情况下，寡核苷酸探针和短的pcr标记探针（80～150bp）具有较大的---性。
